กองยุทธศาสตร์และแผนงาน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนานโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนการอนุรักษ์ และการบริหาร จัดการทรัพยากร ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในภาพรวมของประเทศ
(๒) วิเคราะห์และประสานการจัดทำแผนปฏิบัติการเพื่อการอนุรักษ์และการบริหารจัดการ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับชาติเพื่อนำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ
(๓) วิเคราะห์และประเมินความเหมาะสมของแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพ สิ่งแวดล้อมในระดับจังหวัด
(๔) เสนอแนะนโยบายและแผนด้านสิ่งแวดล้อมระหว่างประเทศให้เหมาะสมกับนโยบายและแผนของประเทศ
(๕) วิเคราะห์และเสนอแนะแนวทางการจัดสรรทรัพยากรเพื่อการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อมของประเทศ
(๖) วิเคราะห์และเสนอแนะมาตรการทางกฎหมาย มาตรการทางเศรษฐศาสตร์ มาตรการ ทางสังคม และมาตรการอื่น ๆ เพื่อผลักดันและสนับสนุนให้มีการนำนโยบายและแผนไปสู่การปฏิบัติ
(๗) ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนากลไกและระบบการประสานงานด้านการอนุรักษ์และ การบริหารจัดการทรัพยากร ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เพื่อเสริมสร้างประสิทธิภาพการบริหารจัดการ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
(๘) ปฏิบัติงานในฐานะฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ
(๙) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือ ที่เลขาธิการมอบหมาย
มีการแบ่งงานภายใน ๖ กลุ่มงาน
๑. กลุ่มงานบริหารทั่วไป มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) ปฏิบัติงานสารบรรณ งานธุรการ งานทะเบียนเอกสาร รับ-ส่งเอกสาร หนังสือราชการ
๒) จัดทำและบริหารงานด้านงบประมาณ แผนการใช้จ่ายงบประมาณของกอง และงบรายจ่ายอื่น
๓) ปฏิบัติงานในหน้าที่เจ้าหน้าที่พัสดุของกอง ดำเนินการจัดซื้อ จัดจ้าง/ตามระเบียบกระทรวงการคลัง ว่าด้วยการจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุภาครัฐ พ.ศ. ๒๕๖๐
๔) ดำเนินการเกี่ยวกับการรายงานการใช้จ่ายงบประมาณ และการติดตามประเมินผลโครงการ
๕) ตรวจสอบการเบิกจ่ายงบประมาณที่อยู่ในความรับผิดชอบของกอง
๖) ดำเนินการเกี่ยวกับงานบุคคลในระดับกอง
๗) ดูแลซ่อมแซม รักษาครุภัณฑ์
๘) ช่วยอำนวยการและสนับสนุนภารกิจของผู้อำนวยการกองยุทธศาสตร์และแผนงาน
๙) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๒. กลุ่มงานนโยบายและแผน มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) จัดทำ วิจัย และพัฒนานโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในภาพรวมของประเทศ
๒) ประสานและสนับสนุนการนำนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในภาพรวมของประเทศไปสู่การปฏิบัติ
๓) สนับสนุนข้อมูลทางวิชาการ และข้อเสนอแนะเชิงนโยบายที่เกี่ยวข้องกับการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
๔) วิเคราะห์ ประสาน และเสนอแนะนโยบายและแผนด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระหว่างประเทศให้สอดคล้องกับนโยบายและแผนของประเทศ
๕) ปฏิบัติหน้าที่ในฐานะหน่วยประสานงานหลัก เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม รวมทั้งติดตามประเมินผล และจัดทำรายงานผลการดำเนินงาน
๖) พัฒนาเครื่องมือและกลไก ด้านการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในภาพรวมของประเทศ รวมทั้งขับเคลื่อนและติดตามประเมินผลการดำเนินงาน
๗) ปฏิบัติหน้าที่เป็นฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการ/คณะทำงาน ที่เกี่ยวข้อง
๘) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
๓. กลุ่มงานวิเคราะห์และประสานแผน มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) วิเคราะห์และประสานการจัดทำแผนปฏิบัติการเพื่อการอนุรักษ์และการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับชาติเพื่อนำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ
๒) ประสานการจัดทำแผนบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับพื้นที่ เพื่อขับเคลื่อนการนำนโยบายและแผนระดับชาติ ไปสู่การปฏิบัติรวมทั้งวิเคราะห์และประเมินความเหมาะสมของแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมในระดับจังหวัด ในระดับพื้นที่
๓) พัฒนาเครื่องมือกลไกด้านการจัดการสิ่งแวดล้อม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการขับเคลื่อนแผนบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับพื้นที่
๔) ให้คำปรึกษาแนะนำแก่หน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้อง ในการจัดทำและดำเนินการตามแผนบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมระดับพื้นที่
๕) ปฏิบัติหน้าที่เป็นฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการ/คณะทำงาน ที่เกี่ยวข้อง
๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๔. กลุ่มงานเลขานุการคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) ปฏิบัติงานในฐานะฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ
๒) ประสานและติดตามผลการดำเนินงานของคณะกรรมการผู้ชำนาญการและคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติรวมทั้ง การดำเนินงานตามมติคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติเพื่อผลักดันให้เกิดผลในทางปฏิบัติอย่างเป็นรูปธรรม
๓) พัฒนากลไกที่สนับสนุนการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ
๔) ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายเลขานุการผู้ประสานงานคณะรัฐมนตรีและรัฐสภา ของสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
๕) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
๕. กลุ่มงานวิเคราะห์มาตรการ มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) วิเคราะห์และเสนอแนะมาตรการทางเศรษฐศาสตร์ ทางสังคม ทางกฎหมาย และมาตรการอื่นๆ เพื่อผลักดันและสนับสนุนให้มีการนำนโยบายและแผนไปสู่การปฏิบัติ
๒) วิเคราะห์ ประสาน และเสนอแนะมาตรการ แนวทาง ความร่วมมือระหว่างประเทศด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ให้สอดคล้องกับนโยบายและแผนของประเทศ
๓) ปฏิบัติหน้าที่ในฐานะหน่วยประสานงานหลัก เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนที่ ๑๒ สร้างหลักประกันให้มีรูปแบบการผลิตและบริโภคที่ยั่งยืน รวมทั้งติดตามประเมินผล และจัดทำรายงานผลการดำเนินงาน
๔) ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการ/คณะทำงานที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
๕) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
๖. กลุ่มงานบริหารจัดการชั้นคุณภาพลุ่มน้ำ มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) วิเคราะห์ ตรวจสอบ และจัดทำข้อเสนอแนะการใช้ที่ดินให้สอดคล้องกับนโยบายการกำหนด
ชั้นคุณภาพลุ่มน้ำของประเทศ
๒) จัดทำแนวทาง แผน มาตรการ และพัฒนาเครื่องมือ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการบริหารจัดการ
ชั้นคุณภาพลุ่มน้ำ และคุ้มครองทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมบริเวณพื้นที่ต้นน้ำลำธาร
๓) ติดตามและประเมินสถานภาพทรัพยากรธรรมชาติและคุณภาพสิ่งแวดล้อม จากนโยบายการกำหนดชั้นคุณภาพลุ่มน้ำ
๔) วิเคราะห์และเสนอแนะแนวทางการจัดสรรทรัพยากรเพื่อการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมของประเทศ
๕) ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการ/คณะทำงานที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย